在论文查重过程中，保护用户隐私至关重要。一种常见的方法是对上传的论文进行匿名化处理，即去除作者信息、机构信息等个人身份识别信息。另外，可以采用加密传输技术，确保用户上传的论文在传输过程中不会被窃取。此外，还可以通过权限管理系统，限制用户只能查看自己上传的论文，有效保护用户隐私。

除了技术手段外，教育用户也是保护用户隐私的重要环节。用户在使用论文查重系统时，应当注意不要上传涉及个人隐私的敏感信息，如身份证号、电话号码等。同时，论文查重平台也应当加强隐私保护意识，加强安全防护措施，保障用户数据不被泄露。只有综合运用技术手段和教育手段，才能更好地实现论文查重方法中的用户隐私保护。